Après le rejet des recours des opposants par la cour administrative d’appel, il ne reste plus qu’un obstacle institutionnel de taille sur la route de l’aéroport de Notre-Dame-des-Landes : la Commission européenne. En avril 2014, elle a ouvert une procédure d’infraction contre la France pour non-respect des réglementations européennes sur l’évaluation environnementale des projets d’aménagement. Pour Bruxelles, les pouvoirs publics auraient dû évaluer « les effets synergiques et les impacts cumulés de l’ensemble des infrastructures du projet d’aéroport », conformément à la directive de 2001 sur l’évaluation des incidences des plans et programmes sur l’environnement.
Comme l’aéroport du Grand Ouest doit être créé ex nihilo dans une zone humide, il s’accompagne de toute une série de chantiers : barreau routier, échangeurs, tram-train, ligne ferroviaire à grande vitesse entre Nantes et Rennes, franchissement de l’estuaire de la Loire. Or l’étude d’impact du dossier ne les prend pas en compte. Pourtant, la directive de 2001 rend obligatoire l’étude des « effets notables sur l’environnement, y compris les effets secondaires et cumulatifs ». Par ailleurs, la Commission réclame le respect de la directive sur l’évaluation environnementale qui requiert du maître d’ouvrage – en l’occurrence, AGO, filiale de Vinci – de présenter « une description des effets importants que le projet est susceptible d’avoir sur l’environnement ».